Establecido en 1755 en Madrid procedente de Sevilla, donde estudió Cánones, hacia 1760 ya se le ve a Ayala en archivos con papeles de Indias, aunque por su cuenta.
Por su origen panameño, desde joven tiene gran interés en todo lo americano.
[4] Tras cinco años de llegar a la Secretaría, dirige al rey, en 1768, una Ofrenda política con que se pretende dar idea para más fácil y pronto uso del gobierno universal de nuestras Indias, donde se recogen manuscritos suyos útiles para el conocimiento de las Indias y su gobierno –Real Biblioteca, ms.
Carlos III, ante la ingente tarea realizada, le da una pensión vitalicia con la obligatoriedad de proseguirla, lo que hace hasta 1781 en que entrega entera la Colección, formándose esta entonces con ciento treinta y tres volúmenes.
En 1792, la Colección Universal se componía de doscientos veinticinco volúmenes manuscritos, según indica el propio Ayala al final del Índice del Diccionario de Gobierno y Legislación de Indias, impreso ese 1792 (p. 57) -se halla el Diccionario en el Archivo Histórico Nacional-.
Asimismo, se halla en la Real Biblioteca el Diccionario de gobierno y legislación de Indias, obra básica para manejar el Cedulario Índico, 26 manuscritos que van del ms.
II/4633 al II/4658, en su versión definitiva pues se entregaron estos volúmenes en 1798, mientras que en el Archivo Histórico Nacional se halla otra versión pero de 1781/82, en Códices, sig.