Se implementaron nuevas características para las versiones de Microsoft Windows, Xbox 360 y PlayStation 3.

[3]​ El control de las corridas en las bases se simplificó; un jugador solo necesita mantener presionado el gatillo hasta que vibre, por ejemplo, y luego soltarlo cuando esté listo para intentar un robo.

Los jugadores se mueven gráficamente desde la cueva al plato de bateo, desde el bullpen al montículo, se calientan lanzando la pelota alrededor del campo, golpean el bate en el círculo de espera, corren a sus posiciones, y así sucesivamente.

Por ejemplo, los batazos foul harán que la gente en la multitud se levante de sus asientos e intente atrapar la pelota, sin embargo, algunos aficionados que no tienen una oportunidad real de atrapar la pelota harán un salto tonto en el aire.

[4]​ Los jugadores reaccionarán adecuadamente a eventos como un jonrón para ganar el partido, un sin hit ni carrera o una celebración de la Serie Mundial.

El juego también contaba con "Living Rosters", que son plantillas activas que se actualizan automáticamente cuando el usuario inicia sesión en línea; las calificaciones de los jugadores se actualizarán constantemente, mientras que los intercambios y adquisiciones más recientes se reflejarán en el juego.

[6]​ Sin embargo, los Living Rosters no están activos durante el modo Franquicia.

El modo también ha añadido estadísticas, por ejemplo, incluyeron victorias divididas por la nómina de los equipos.

La versión para PC, al igual que su contraparte NBA 2K9, no contará con juego en línea ni Living Rosters.

Este dúo reemplaza a Jon Miller y Joe Morgan, quienes habían sido los comentaristas en entregas anteriores de la serie 2K durante los últimos 4 años.

Jeanne Zelasko y Steve Physioc de Fox Sports siguen siendo los reporteros, dando actualizaciones en la séptima entrada y al final del juego, así como informes en el campo.

GameSpot en su reseña de 4.5 de 10 se quejó: "O MLB 2K9 se lanzó en un estado medio terminado o los desarrolladores nunca han visto un béisbol, mucho menos han lanzado uno", citando un jugabilidad extraña y señalando que el juego estaba "lleno de errores".

[17]​ 1UP.com en su reseña contundente de puntuación D+ para Xbox 360 - y una puntuación aún más baja de D para PlayStation 3 - lo llamó "...un juego que se esfuerza tanto por demostrar que la serie está progresando, pero ignora solucionar los problemas que la han afectado durante años: defensa deficiente, animaciones descuidadas y orientación hacia los jonrones..."[18]​[19]​ IGN en su reseña de 6.8 de 10 declaró: "Major League Baseball 2K9 soluciona algunos de los problemas del pasado y sienta las bases para un gran juego, pero hay demasiados errores para recomendarlo".

[24]​ GameSpy otorgó al juego 3 1⁄2 estrellas, afirmando que los fanáticos casuales se sentirían atraídos por el juego, mientras que los "simuladores" más apasionados se sentirían desanimados por él.