Asimismo, es el equipo español que ha alcanzado el segundo mejor puesto en la lista TOP500: 34º, en noviembre de 2006.Esta configuración convierte a Magerit en el mayor superordenador de España en la lista TOP500.Junto con el cambio se produce una actualización completa del software que incluye sistema operativo (distribución SLES11SP1), sistemas de despliegue xCat (eXtreme Cluster Administration Toolkit) y todo el software y bibliotecas utilizados por los usuarios para adaptarlos a la nueva arquitectura, red de interconexión...Existe un vídeo-timelapse del montaje de Magerit que muestra todo el proceso.Utiliza CentOS como sistema operativo, SLURM como planificador y se reutilizan los 192 TB de almacenamiento pero basado en Lustre.Magerit ejecuta trabajos con grandes necesidades de cómputo, como investigaciones acerca del universo,[17] simulaciones de física nuclear y nuevos materiales,[18] química o modelos climáticos.Un ejemplo es el proyecto Blue Brain, que pretende realizar una simulación del cerebro y que utilizó recursos de cómputo y otros servicios en sus inicios.El sistema ejecuta trabajos batch que se planifican mediante un gestor de colas.Debido a las características del sistema las ejecuciones típicas usan cientos de CPUs durante unos pocos días lo que impide el uso habitual de un sistema informático obligando a mantener el equipo en funcionamiento ininterrumpido todo el año.Además, este sistema permite planificar globalmente el uso de recursos para incrementar su aprovechamiento al máximo al tiempo que se proporciona un uso equitativo de los mismos a todos los usuarios.
