La ciudad fue visitada por Ciro Bayo, autor español del Peregrino en Indias, y el naturalista húngaro-alemán Tadeo Haenke, que descubrió el lago San Luis, situado a 65 km al sudeste de Magdalena.
El naturalista francés Alcides D’Orbigny, que también visitó Bolivia, vio la planta en el río Paraná, cerca de la frontera argentino-paraguaya, en 1878.
Durante el gobierno del coronel Gualberto Villarroel, en 1944, el alcalde Abdul M. Jordán remodeló el viejo caserón y entregó al pueblo un edificio de buen aspecto, que está ubicado en la acera oeste de la plaza Gabriel Ruiz.
Sus ríos pertenecen a la cuenca amazónica; entre los más importantes están el Itonomas y el Blanco, que son navegables todo el año.
En sus aguas, aún no contaminadas, abundan recursos piscícolas, que en su mayor parte son aprovechados por brasileños.
Magdalena se ubica a 293 kilómetros por carretera al nor-noreste de Trinidad, la capital departamental.
Aquí se bifurca hacia el este un camino vecinal sin pavimentar, que luego de 82 km llega a Magdalena y continúa en dirección sureste hasta Huacaraje.
En efecto, el ciudadano Andrés Arza importó una imprenta donde se imprimió "El Siglo Futuro", "El Iténez" y otros semanarios dirigidos por Marcelino Durán Clementelli.
La mayor parte de su población se dedica al comercio debido a su ubicación en la frontera con Brasil.