Han pasado más de 30 años desde la primera guerra espacial contra los gigantes Zentradi que casi acabó con la humanidad y el planeta Tierra.
La historia se centra en tres amigos: Isamu Dyson, Guld Goa Boman y Myun Fan Lon, los cuales tras un trágico accidente hace siete años terminan separándose.
Isamu es enviado al planeta Eden para cumplir como piloto de pruebas, encontrándose con su anterior amigo Guld.
Sin embargo, Sharon Apple tomó una conciencia malévola debido al chip ilegal que fue instalado por Marge Gueldoa.
Izamu expulsó a Yang, pero después es hipnotizado por Sharon, para que se estrellara y muriera, pero es interrumpido por Myung, que pudo evadir los ataques contra la nave Macross y destruyera la computadora principal, eventualmente eliminando a Sharon.
Eventualmente, U.N.-Spacy detuvo todos los desarrollos de inteligencia artificial, pero la competencia del proyecto Super Nova continúa.