Consagrado como uno de los mejores goleadores norteamericanos del momento, el Boca Juniors, por recomendación directa de Diego Armando Maradona y Julio César Toresani, se hizo con sus servicios en 1997.

Realizó grandes actuaciones junto al delantero Cuauhtémoc Blanco, con quien hizo mancuerna en muchas ocasiones.

México llegó hasta octavos de final y Hernández marcó cuatro goles, convirtiéndose así en el mexicano con mayor cantidad de goles en una copa del mundo, ganando la Bota de Bronce del Mundial (le anotó dos a Corea, un gol a la favorita Holanda en el último minuto en el empate 2-2 y uno más ante la poderosa Alemania cayendo México 2-1).

El buen momento de Jared Borgetti lo manda a la banca.

Para 2001 es nominado en pocas ocasiones, la selección vive una profunda crisis tropezando en las eliminatorias de CONCACAF y marca un solo gol.

El conjunto mexicano cayó nuevamente en octavos de final frente a Estados Unidos.