Junto a Pablo Ibáñez, formó una pareja de centrales recordada en su época.

Antes de llegar al Atlético de Madrid jugó en el Deportivo Independiente Medellín con el que conquistó un Torneo Finalización en 2002 y en Boca Juniors donde también ganó la Copa Intercontinental en 2003.

Con este equipo consiguió el Torneo Apertura 2003 de la Liga Argentina y la Copa Intercontinental.

Durante esa misma temporada disputó un partido amistoso en el Estadio Vicente Calderón que hizo que los técnicos del Atlético de Madrid se fijaran en él.

Unos meses después, al comienzo de la temporada siguiente, volvió a ganar y ser titular en otra final.

En la última temporada que pasó en el club rojiblanco, Perea fue elegido segundo capitán, por detrás de Antonio López.

El 5 de mayo de 2012 se disputó la final en la que su club venció por tres a cero al Athletic Club aunque Perea no llegó a entrar en la convocatoria para el partido.

Perea fue titular en la victoria por tres a cero frente al Valencia de Haití.

Una lesión le mantuvo apartado del fútbol toda la temporada 2014-15 y aunque intentó recuperarse en las instalaciones del Celaya FC y el Querétaro,[10]​ tras haber rescindido su contrato con Cruz Azul, finalmente tuvo que anunciar su retirada.

Sus primeros pasos en la dirección técnica los dio cuando dirigió ocho meses al Atlético de Madrid Cadete "C" en 2018.

[13]​ Itagüí Leones al final no logró el objetivo de regresar a la primera división.

[14]​ El 14 de septiembre fue nombrado técnico encargado tras la renuncia del veterano entrenador uruguayo.

[20]​ El 16 de enero, Junior venció 1-0 a Independiente Medellín en la primera fecha del Torneo Apertura 2021.

[21]​ En el Torneo Apertura 2021 cayó en semifinales tras perder 2-0 ante Millonarios, finalizando un global 5-3 que dejó varios expulsados entre los dos contrincantes.