Basándose en ese tratado, el rey polaco reclamó el derecho de elegir obispo para Warmia y, tras el rechazo a esta exigencia, en 1479 se acordó que la elección debería ser consensuada.
(Cabe destacar aquí que el cargo de obispo implicaba competencias políticas y administrativas).
Pese a esto, en 1489 Watzenrode fue investido obispo por el papa Inocencio VIII contra el expreso deseo del rey polaco Casimiro IV Jagellón, que pretendía el cargo para uno de sus hijos.
Tras finalizar sus estudios, Nicolás ayudó a su tío en la administración del principado y se convirtió en su principal consejero.
También ejercería como su médico particular hasta su muerte por enfermedad a la edad de 64 años.