El mayor referente de esa época sería Patricio Bonhomme quién arribaría al club en 1983, permaneciendo hasta 1988.

[5]​ Ya en Segunda División el club no haría campañas destacadas e incluso estuvo a punto de descender en 1992, donde solo superó a Iberia de Los Ángeles por un punto, equipo que finalmente terminaría descendiendo, en 1993 la campaña sería más tranquila finalizando en la duodécima posición.

Ese año 2001, bajo la dirección técnica de Eduardo Apablaza, obtiene el título de esa categoría venciendo a Deportes Copiapó en una final a tres partidos, lo que significó que Lota Schwager volviera al profesionalismo.

En el partido de ida, disputada en Talca, el equipo lotino fue derrotado por 2-1 jugando como visitante, mientras que en la vuelta en Coronel, ganó de local por el mismo marcador, lo cual provocó una definición a penales, en donde Lota Schwager se impuso por 4-3, logrando regresar a Primera División tras 20 años.

En el año 2007, tras llegar a Primera División, el equipo tuvo un muy bajo rendimiento en el Torneo de Apertura, quedando en posiciones bajas de la tabla, siendo su mayor logro en ese torneo el empate que consiguió como visita a 2 goles, ante Colo-Colo (equipo que sería campeón) en el Estadio Monumental.

[7]​ En su primera temporada en la Segunda División Profesional en 2015-16, Lota Schwager quedó en la 11° posición de la tabla de posiciones, por lo que tuvo que disputar una liguilla con otros seis equipos para evitar el descenso a la tercera división, finalmente consiguió la permanencia gracias a seis victorias consecutivas en la recta final del campeonato, rematando en un 8° lugar en la tabla general.

[8]​ El presidente del club como sociedad anónima deportiva profesional, Jaime Valdés, puso a la venta la institución en 100 millones de pesos.

[10]​ Para 2019 dos equipos paralelos presentaron sus cuadernos de cargos ante la ANFA para competir en sus campeonatos nacionales: la «Corporación de Fútbol Nuevo Lota Schwager», encabezada por Jairo Castro, postuló a la Tercera División A; mientras que el «Club Corporación de Fútbol y Deportes Lota Schwager», presidido por Bernardo Ulloa, se inscribió para jugar en la Tercera División B.

[15]​ Al cierre del Grupo 3, la Corporación quedó en el tercer lugar, mientras que Nuevo Lota Schwager terminó quinto.

La Corporación quedó en el camino al alcanzar el cuarto lugar de la segunda fase, mientras que Nuevo Lota Schwager clasificó a la siguiente etapa y siguió en carrera por el ascenso.

además Jairo Castro inscribió la marca en conjunto "Deportes Lota Schwager" junto a la insignia como una marca comercial en desmedro del cuadro de Ulloa y demandando que su homónimo no pudiera utilizar el nombre, pero la corte no accedió a que la corporación datada desde 2001 fuera desprovista de su indumentaria y nombre en competencias deportivas y solo se le restringió su uso comercial.

En 2021 es contratado Mario Salgado para dirigir al club en búsqueda del ascenso, el equipo realizaría una buena fase inicial donde terminaría segundo en el grupo sur, sin embargo sería eliminado nuevamente en cuartos de final, esta vez ante Municipal Mejillones.

En 2022, Mario Salgado es ratificado en la dirección técnica, Lota Schwager integró el grupo sur, en el cual los primeros cuatro clasificarían al octagonal final y el último descendería a Tercera B, el torneo estuvo apretado todo el año y el equipo realizando una campaña bastante irregular, a pesar de ello hasta la fecha 10 se mantuvo en puestos de clasificación a la siguiente fase, sin embargo el descenso también estaba muy cerca, y a falta de tres fechas para el final Rancagua Sur denunció al club por supuestos sobornos, lo que provocó la suspensión del encuentro y una investigación judicial, que finalmente se desestimó.

[19]​ Posteriormente el partido se reprogramó para la penúltima fecha y Rancagua Sur venció por 2-1, situación que dejó a Lota Schwager con la obligación de vencer a Provincial Osorno en la última fecha, cosa que finalmente no ocurrió y Lota Schwager descendió por primera vez en su historia jugando de local.

Schwager, es decir blanco, pero se agregaron tres vivos, que históricamente son franjas horizontales en el pecho, y también históricamente se han usado los ribetes en las extremidades inferiores ya sea short o medias, una roja representando también a Schwager, una verde representando a Lota y negro por la industria del carbón y representando así a ambas instituciones.