El protagonista del juego es un joven de dieciocho años llamado Sho Kasugai, un miembro del S.E.A.L.E.D., una organización que tiene la tarea de detener a un hombre misterioso llamado "The End", quien busca destruir el mundo.

Entre otros personajes principales se encuentra un hombre misterioso conocido como "The End", un terrorista internacional conocido por causar masacres y destrucción, por lo que la Organización de Naciones Unidas y S.E.A.L.E.D.

El objetivo de "The End" es destruir el mundo, y considera que la lucha contra los miembros del S.E.A.L.E.D.

Toya Olbert tiene el don de la atracción magnética y Himeno Akatsuki tiene habilidades basadas en la piroquinesis.

Nagi Shishioka puede levitar al controlar la gravedad y Agito Yuki posee el don de la teletransportación.