Ferrocarril de Long Island

El servicio de mercancías en el sistema ha sido operado por el New York and Atlantic Railway desde 1997, incluyendo tres ramales de mercancías del Bay Ridge Branche en Bay Ridge.Este servicio fue reemplazado en 1849 por la ruta terrestre a través de Connecticut que pasó a formar parte del ferrocarril de Nueva York, New Haven y Hartford.El rico PRR subsidió al LIRR durante la primera mitad del nuevo siglo, permitiendo su expansión y modernización.[6]​ El LIRR es uno de los pocos ferrocarriles que ha sobrevivido como una empresa intacta desde su estatuto original hasta el presente.[3]​ La estación también sirve a los túneles del Río Este que son operados por Amtrak (las únicas vías de la LIRR que no son usadas y operadas por la LIRR) desde la Main Line en Long Island City.La estación Avenida Flatbush en Downtown Brooklyn sirve a la mayoría de los trenes.