Su disciplina de fútbol femenino compite oficialmente en AFA desde 2016 y actualmente se encuentra disputando la Primera División B (segunda categoría).

En el escudo de fútbol masculino las estrellas solo figuran ocasionalmente.

[2]​[3]​[1]​[4]​ Lima FC debuta en la segunda división como equipo incorporado para la temporada 2016-17.

[4]​ En la siguiente temporada los buenos resultados se mantuvieron a pesar de la incorporación de 11 equipos nuevos, acabó en 5° puesto con 70 puntos y logró clasificar al reducido por el tercer ascenso, donde avanzó a semifinales luego de derrotar a Almirante Brown y posteriormente cayó en dicha instancia ante Racing Club por 4-3 en penales, luego de un empate 1-1.

La competencia AFA oficial comenzó a disputarse desde 1991, la Primera División B desde abril de 2016.