[1]​ Los 56 miembros afiliados a la CAF forman parte de la Liga de Campeones de la CAF 2016, donde los 12 miembros más fuertes según el ranking tienen derecho a enviar al torneo dos equipos cada uno.

Si el marcador global sigue empatado después del partido de vuelta, la regla de los goles marcados como visitante se aplica, y si aún sigue empatado, se realizaran tandas de penaltis para determinar el ganador (sin tiempo extra se juega).

[5]​ 2- Sporting Praia Cruz se retiró del torneo.

[6]​ 3- Volcan Club no pudo llegar al partido de vuelta.

Los ganadores y segundos puestos de cada grupo avanzan a las semifinales.