Desde su creación en 1964 en la liga participaban clubes de cinco ciudades las cuales eran Ciudad del Este, Hernandarias, Los Cedrales, Minga Guazú y Presidente Franco.

[6]​[7]​ Con esta segunda escisión la Liga Deportiva Paranaense lo conforman clubes de tres ciudades que son Ciudad del Este, Los Cedrales y Presidente Franco.

Al serle favorable la protesta y adjudicándosele los 3 puntos de ese partido, se debió disputar un partido extra ya que el club 13 de Junio había alcanzado los mismos puntos que el club R.I.

3 Corrales ratificó la consquita del título al ganar el partido extra por 3 a 1.

[15]​ En el año 2017 el club 13 de Junio se consagró campeón por primera vez en la Liga.

En su cuarta participación en la División Intermedia se consagró campeón en el 2004, para ascender a la Primera División de Fútbol profesional, siendo el primer representante de esta liga y del Alto Paraná en lograrlo.

Se mantuvo en esa categoría principal hasta el 2011, año en que descendió a la División Intermedia.

Se mantuvo en esa categoría hasta el año 2011 en la que se consagró campeón y obtuvo su ascenso a la Primera División para participar por primera vez en su historia de la máxima categoría del fútbol paraguayo.

A inicios del 2012 la selección de la Liga Paranaense se consagró como ganadora del Campeonato Nacional de Interligas, lo cual le dio el derecho a militar desde ese año en la División Intermedia, pero en calidad de club por ello cambió su denominación y se fundó como Paranaense Fútbol Club, como una alianza entre todos sus clubes, salvo los que están en las divisiones superiores.

En la fase inicial, los equipos son ordenados en dos grupos (Serie A y B), con ocho equipos en cada grupo, en la que se enfrentan todos contra todos en cada serie; con dos rondas de ida y vuelta.

A lo largo de su historia numerosos equipos participaron en esta liga, pero conforme transcurría el tiempo algunos de estos no pudieron sostenerse económicamente o completar los equipos necesarios en las diversas categorías, por lo que fueron finalmente desafiliados.

Así mismo al club Sol del Este, la Liga le otorgó permiso para no participar en la Liga y centrarse en su participación en la Primera División B Nacional 2019 (Tercera División).