La Liga ASOBAL 2012-13 tuvo el mismo sistema de competición que las anteriores temporadas, contando con 16 equipos enfrentados todos contra todos a doble vuelta.

Las equipos ascendidos esta temporada fueron el ARS Palma del Río, que debutó en la máxima categoría del balonmano español, después de ascender de forma directa, y el Frigoríficos Morrazo Cangas, que volvía a la Liga ASOBAL después de dos temporadas, tras imponerse en la fase de ascenso.

[1]​ El primer equipo al que correspondió el derecho de aceptar la plaza fue al BM Antequera, pero debido a su desaparición este derecho pasó al Alser Puerto Sagunto, que aceptó la plaza y volvió a la Liga ASOBAL después de su descenso.

[2]​ A mediados del mes de julio la Sociedad Deportiva Cultural San Antonio anunció su decisión de renunciar a competir en esta categoría dada la imposibilidad de afrontar sus gastos económicos con garantías, por lo que su plaza la ocupó el BM Villa de Aranda, que debutó en la máxima categoría.

[3]​ El título lo revalidó el FC Barcelona Intersport, que solo cedió una derrota en toda la temporada.