Fue vicepresidente de los Estados Unidos desde 1889 hasta 1893 bajo el mandato del presidente Benjamin Harrison.

Harrison y Morton perdieron el voto popular, pero ganaron el voto del Colegio Electoral.

Ambos juramentaron sus cargos como presidente y vicepresidente, respectivamente, el 4 de marzo de 1889.

Como vicepresidente, Morton no era cercano a Harrison personalmente, y el presidente Harrison no solía consultar con él sobre asuntos políticos.

En 1892, Morton no hizo campaña para la renominación ya que no estaba interesado en cumplir otro mandato como vicepresidente.