Shúbnikov estudió los cristales del bismuto con bajas concentraciones de impureza, y junto con De Haas descubrió las oscilaciones de la magnetorresistencia a bajas temperaturas en campos magnéticos (el efecto Shúbnikov-De Haas).

La importancia de este efecto para cuerpos en estado condensado resultó evidente hasta mucho tiempo después.

Fue uno de los primeros a estudiar el helio líquido.

Hasta 1991 la fecha exacta de su muerte no se sabía (la Gran Enciclopedia Soviética decía que había sido el 1945.

La Academia Soviética de Ciencias creó el premio Shúbnikov.