El nombre se debe en memoria al héreo patrio de la Guerra con Chile, Leoncio Prado Gutiérrez.
El Leoncio Prado comenzó su participación en el fútbol, en partidos amistosos con clubes chalacos de la época, tales como: Atlético Chalaco , Alfonso Ugarte , Sport Grau , El Victoria, Atlético Pardo , Atlético Callao , English Comercial School , National F.B.C.
Posteriormente, también participó en partidos contra equipos de Lima.
El club participó en el Campeonato de Fiestas Patrias 1903 y 1904.
Para 1930 el club no participó en la Tercera División de la Liga Provincial del Callao y desapareció.