[1]​ Los virus de este filo infectan principalmente procariotas (bacterias y arqueas), pero también incluye virus endosimbiontes mitocondriales de hongos y protistas desnudos que se clasifican en las familias Botourmiaviridae, Mitoviridae y Narnaviridae.

Estos últimos no son considerados verdaderos virus y más bien son un tipo de elementos genéticos móviles o replicones compuestos por una cadena de ARN y una RdRP que descienden de bacteriófagos de ARN de la clase Leviviricetes que se integraron en las mitocondrias al momento que se dio la endosimbiosis seriada que dio origen a los eucariotas.

Además todos los descendientes eucariotas se replican en las mitocondrias en contraposición con otros virus y esta replicación se debe a que el virus de ARN procariota ancestral perduró infectando a las mitocondrias que eran sus antiguos huéspedes bacterianos.

[3]​ Se ha sugerido que los virus de este filo infectaron al último antepasado común universal y a los protobiontes[4]​ y que estarían relacionados con el ancestro de los retroelementos (intrones y retrotransposones).

[3]​[6]​ La taxonomía establecida por el ICTV es la siguiente:[7]​ Los análisis moleculares han dado las siguientes relaciones filogenéticas entre familias:[8]​[9]​ Atkinsviridae Solspiviridae Fiersviridae Duinviridae Blumeviridae Steitzviridae Mitoviridae Botourmiaviridae Narnaviridae