En 1888, mediante la convención Membreño-Castillo, cuyas ratificaciones se canjearon al año siguiente, Honduras y Nicaragua delimitaron buena parte de la frontera en la región en que colindaban sus respectivos departamentos de Choluteca y Nueva Segovia.
Quedaba pendiente, sin embargo, la frontera en el Caribe, y en 1889 ambos países firmaron la convención Zelaya-Zavala, mediante la cual se aceptaba el uti possidetis de 1821 y se acordaba someter su definición al arbitraje del Presidente de El Salvador, pero Honduras no la aprobó.
En 1894 Honduras y Nicaragua suscribieron el tratado Bonilla-Gámez, en el cual se acordaba nombrar una nueva comisión mixta para que demarcase la frontera según el uti possidetis de 1821.
Nicaragua, por su parte, reclamaba como frontera el curso del río Patuca y una línea vertical hasta el cabo Camarón.
En 1930, mediante el protocolo Ulloa-Irías, Nicaragua aceptó el fallo de Alfonso XIII, pero las cámaras legislativas nicaragüenses negaron su aprobación al acuerdo y la disputa continuó.