[1]​ La laguna se encuentra muy próxima a la laguna Titihue, que a su vez colinda con el lago Titicaca.

En su lado occidental se encuentra la pequeña isla Arapa.

La Laguna Arapa sirve de zona pesquera para varios de los centros poblados rurales que la rodean, como Iscayapi, Sacanajachi, Jaboncilluni, Pucamocco o Tacachillani.

[3]​ Los peces más comunes de la Laguna de Arapa son el ispi (Orestias ispi), el pejerrey (Basilichthys bonariensis), y en grado menor, la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss), el carachi negro (Orestias agassizii) y el carachi amarillo (Orestias luteus).

Mientras que el pejerrey y la trucha arcoíris son especies introducidas, las demás: (el ispi y el carachi) son especies nativas de la laguna.