Anteriormente, se encontraba un asentamiento de los Kāti Mamoe en el sitio del actual municipio, nombrado como Para karehu.

Al sur se encuentra el histórico valle de Cardrona, una popular ruta alpina escénica hacia la vecina Queenstown.

El cercano lago Hāwea se encuentra en un valle glaciar paralelo ubicado a ocho kilómetros al este.

En su punto más cercano (una cresta rocosa llamada The Neck («El Cuello»)), los lagos están separados por solo 1000 metros.

Las cañas nativas se utilizaron para construir los mōkihi, unas pequeñas embarcaciones que permitían un rápido regreso río abajo hacia la costa este.

Hasta principios del siglo XIX, Wānaka era visitado anualmente por los Ngāi Tahu, que buscaba los pounamu en las montañas sobre el río Haast y cazaba anguilas y pájaros durante el verano, regresando a la costa este descendiendo por el río Clutha en los mōkihi.

Según los Ngāi Tahu, el lago Wānaka fue excavado por un explorador de Waitaha llamado Rākaihautū con su kō Tūwhakaroria.

El primer mapa conocido del lago Wānaka fue dibujado en 1844 por el líder sureño de Ngāi Tahu, Te Huruhuru.

Guiado por Reko y Kaikoura, caminó desde Tuturau (Southland) hasta el lago a través del río Kawarau.

Sin embargo, fue afectado por disentería, por lo que sus guías lo devolvieron por el Clutha, aprovechando los rápidos en un bote de caña mōkihi.

Se ha informado que Nueva Zelanda es un refugio favorito para los «súper ricos» en caso de un cataclismo.