Se encuentra a una altitud de unos 4024 m s. n. m. en el Pequeño Pamir.
El río Aksu o Murghab fluye hacia el este desde el lago a través del Pequeño Pamir para entrar en Tayikistán en el extremo oriental del valle.
El Bozai Darya (también conocido como el río del Pequeño Pamir) se eleva a poca distancia al oeste del lago y fluye 15 km hacia el oeste para unirse al río Wakhjir y formar el río Wakhan cerca del asentamiento de Bozai Gumbaz.
Algunos relatos afirman que el Bozai Darya también nace en el lago Chaqmaqtin.
[2] Otra fuente llama al lago "una sección más profunda y posiblemente pantanosa dentro de la división de drenaje del río Aq Su-Little Pamir".