Después de esto, ella se volvió a desposar con un general, Lê Phụ Trần, con el que tuvo dos hijos.
Lý Chiêu Hoàng accedió al trono a la edad de 6 años y gobernó bajo la influencia total del comandante de la Guardia Real, Trân Thủ Độ y otros miembros del Clan Trân, quienes comenzaron a tomar poder en la corte real durante el reinado de Lý Huê Tông.
En primer lugar, Trần Thủ Độ trasladó la totalidad del Clan Trân al palacio real y concertó un matrimonio secreto entre Lý Chiêu Hoàng y su sobrino Trân Câhn, sin el permiso de ningún miembro de la familia real Lý.
[2] [21] Según la crónica Đại Việt sử kí toàn thư, la Emperatriz Chiêu Thánh no podía darle un heredero al emperador; esta situación en la familia real hizo que el canciller Trần Thủ Độ se preocupara ya que usó esta misma situación para levantarse contra el emperador Lý Huê Tông y derrocar a la Dinastía Lý.
Por tanto, en 1237, Trần Thủ Độ decidió forzar a Trần Liễu para que se divorciara de su esposa, la princesa Thuân Thiên (quien ya estaba embarazada de tres meses), en favor del nuevo Emperador.
Entre tanto, el emperador Thái Tông, quien se sentía incómodo por la situación, decidió hacerse monje budista en la Montaña Yên Tử.
En 1258, el emperador Thái Tông decidió volver a casar a la princesa Chiêu Thánh con el general Lê Phu Trân, como recompensa por su labor esencial en la victoria de la batalla de Đại Việt sobre las tropas invasoras del Imperio Mogol.