La línea utiliza el túnel de la risa y la línea Madrid-Zaragoza desde que se creó la red de Cercanías Madrid, no habiendo sido ampliada en cuanto a km se refiere, sin embargo algunas de las estaciones han cambiado de nombre o se han construido a posteriori.

En septiembre de 1996 se añadió a la línea la estación de El Pozo, situada entre las estaciones de Vallecas y Entrevías, dando servicio al barrio homónimo que había experimentado un gran crecimiento demográfico en los últimos años.

Así, finalmente la estación se llamó Asamblea de Madrid-Entrevías.

A pesar de ello, se anuncian como servicios C-3a entre El Escorial y Chamartín, pero con destino Guadalajara por Recoletos en vez de Aranjuez por Sol.

Desde el desdoble con la línea C-8, se ven más regularmente trenes de la serie 465 (Civia).

La línea comienza en la comunidad autónoma de Castilla-La Mancha, en Guadalajara.

La segunda, Alcalá de Henares, que da servicio al centro urbano y la tercera, La Garena, situada al oeste del municipio.