En categoría junior, Kristjan Fajt fue 60.ª de los Campeonatos del mundo en Ruta en 2000.

Participó por primera vez en los Campeonatos del Mundo en categoría élite aunque tuvo que abandonar la prueba.

[4]​ En 2006 se unió al equipo continental esloveno Radenska Powerbar.

Se proclamó campeón de Eslovenia en contrarreloj en 2006 y ganó el Grand Prix Kooperativa en 2007.

Fue 16.º en los Campeonatos del mundo en ruta de 2008 en Varese (Italia).