Después del golpe de Estado en Tailandia en 2006, Kowit fue nombrado miembro del Consejo de Seguridad Nacional.
[1] El 22 de septiembre, el Consejo otorgó a Watana todo el poder sobre la Policía.
Fue nombrado Presidente de la Comisión Nacional de Policía a la que se asignó la reforma del proyecto policial aprobado en 2004; dicho proyecto había sido ya aprobado por el Parlamento.
Bajo la estructura legal previa al golpe de Estado, el primer ministro era responsable de la Presidencia de la Comisión Nacional de Policía.
Se publicó que la razón de su destitución obedecía a un caso de evasión de impuestos, sin que se haya probado.