Varias tradiciones se remontan a la llegada del comerciante sirio Tomás de Caná en el siglo IV o el VIII, mientras que otra leyenda remonta su origen a judíos del Medio Oriente.

Se hicieron cada vez más prominentes en Kerala a fines del siglo XIX.

Muchos knanayas emigraron durante los siglos XX y XXI, en su mayoría hacia el oeste, formando comunidades en áreas que no hablan malayalam, con una gran comunidad de expatriados que viven actualmente en Chicago, Illinois en Estados Unidos.

[3]​ Sin embargo, el erudito Richard M. Swiderski afirma que ninguna de estas etimologías es completamente sólida.

[4]​ Esto puede ser una referencia a la comunidad cristiana de Kynai, en Bét Aramayé en Persia.

Esto es en referencia a la división geográfica históricamente significativa entre ellos y otros cristianos de Santo Tomás, que son conocidos como vadakumbhagar' o los norteños en este contexto.

Fuller, los nordistas son por lejos los más numerosos, pero están clasificados debajo de los sudistas.

[25]​ Esta afirmación se basa en el documento portugués "M.S Sloane 2748-A" de 1676, el primer y único registro europeo temprano que cambia la posición social de los sudistas y los nordistas.

[24]​ Finalmente, fueron forzados a abandonar su tierra natal y se mudaron a Cranganore, donde fueron recibidos por el gobernante Cheraman Perumal y vivieron cerca, pero mantuvieron su separación de los cristianos indígenas "nordistas" de Santo Tomás.

Swiderski cree que la leyenda fue "concebida y promulgada" por el propio Chazhikaden.

[27]​ Muchos knanayas modernos aceptan la historia como factual, mientras que otros la rechazan.

Al igual que con otras tradiciones de origen knanaya, los nordistas la disputan y la condenan.

[31]​ Definiciones de la división por los portugueses: Varias fuentes posteriores mencionan a los sudistas y su mutua enemistad con los nordistas.

[42]​ Durante este período, los knanayas promovieron su propia singularidad e identidad independiente para impulsar nuevas oportunidades para su comunidad.

Buscaron el establecimiento de parroquias centradas en los knanayas tanto para las Iglesias malankara como católica, que se fundaron en 1910 y 1911, respectivamente.

En 1910 la Iglesia ortodoxa siria estableció una diócesis distinta orientada a knanayas en Chingavanam, que depende directamente del patriarca de Antioquía.

El estudio también encontró patrones endógamos legítimos entre los knanayas en referencia a relaciones CentiMorgan o enlaces cromosómicos en los que todos los knanayas estaban en el rango de primos primero a quinto y compartían hasta 350 CentiMorgan entre ellos.