Desde 1998 a 2006 fue director ejecutivo del Programa de las Naciones Unidas para el Ambiente (PNUMA).

Töpfer estudió economía en Maguncia, Fráncfort del Meno y Münster.

Como director del PNUMA, ha tenido un papel clave en medir y tratar de remediar los costos ambientales del tsunami que hubo en Asia en el año 2004.

En 2009 Töpfer fue nombrado director fundador del Instituto de Estudios de Sostenibilidad avanzadas (IASS), que llevará a cabo la investigación entre los problemas climáticos y la economía sostenible.

Actualmente es miembro del Consejo Asesor de la Fundación Alemana para la Población Mundial y en el Consejo de la Fundación Holcim para la Construcción Sostenible.