La corporación Smart Brain, la corporación más poderosa del mundo, está tratando de apoderarse del mundo utilizando Orphnochs, el siguiente paso en la evolución de la humanidad, para matar a escondidas de la población humana.
Los Rider Gears son robados por Hanagata, el Orphnoch Cabra y exjefe de Smart Brain.
Sin embargo, los Rider Gears fueron diseñados para ser usados por Orphnoch, y los humanos no pueden activar los sistemas sin someterse a modificaciones genéticas.
Un solitario joven, Takumi Inui, es involuntariamente involucrado en el conflicto entre los Orphnoch y los seres humanos y se convierte en Kamen Rider Faiz para salvar la vida de Mari Sonoda, una de los Ryuseiji.
La mayoría de estos Orphnochs "renegados" son asesinados, permanecen neutrales o comienzan a alinearse con los Ryuseiji contra Smart Brain.