Sin embargo, dicho apoyo dio inicio a su separación de Mandela como aliado político (aunque siguieron siendo amigos por algún tiempo).
Matanzima llevó su partido político a victorias en las elecciones de 1968 y 1973 en Transkei.
Sin embargo pronto los hermanos se convirtieron en enemigos políticos y Matanzima fue detenido.
Fue liberado en 1987 pero restringido a permanecer en la zona de Qamata.
La visión y los sentimientos encontrados sobre su rol como líder de un importante grupo de ciudadanos negros sudafricanos durante los años del apartheid se mantienen en el presente.