El club juega en la Primera División de Macedonia del Norte.
Fue fundado en el año 2012 luego de que el FK Sloga Jugomagnat se fusionara con el FC Albarsa.
Los partidarios del equipo son los Shvercerat que se establecieron oficialmente en 1989 en Čair en Skopje.
Al igual que FK Shkëndija, FK Shkupi es un club albanés orientado, con los partidarios albaneses y también parte del grupo TKZ ultras que apoya Albania en el fútbol internacional.
Los Shvercerat son conocidos por tomar la bandera de los partidarios del equipo rival.