En la temporada 2004/05 debutó a Primera División, y en la 2010/11 consiguió su primer campeonato de liga.Por temor a que esto pudiera causar problemas entre grupos étnicos, las autoridades yugoslavas intervinieron y cerraron su estadio.[2] Con la independencia, el KF Shkëndija se profesionalizó e ingresó en los campeonatos macedonios, de los que partió desde las categorías inferiores.Tras unas malas temporadas que supusieron el descenso a la segunda categoría en 2008/09, el equipo se recuperó al año siguiente y en la temporada 2010/11, el KF Shkëndija se proclamó campeón de liga, a las órdenes de Qatip Osmani.[4] El campo donde el KF Shkëndija juega sus partidos como local es el Ecolog Stadium desde 2016, ya que antes jugaba en el Estadio de Tetovo (en macedonio, Градски стадион Тетово).
El Gradski stadion en Tetovo anterior sede del club.
