Jurgen Van de Walle se convirtió en profesional en 1999 en el equipo Palmans-Ideal.

Su carrera continuó en 2001 con el equipo Landbouwkrediet-Colnago, con el que terminó sexto en la Druivenkoers Overijse, y de ahí fichó por el Vlaanderen-T- provisional en 2002.

Terminó tercero el Tour du Haut-Var en febrero, cuarto en el G. P. Kanton Aargau, segundo en la Ster Elektrotoer en junio y cuarto del Circuito Franco-Belga en octubre.

La temporada del año siguiente, sin embargo, no fue tan buena pese a un octavo lugar en el Tour de California.

En julio de 2010, fichó para las dos próximas temporadas con el equipo Lotto Belisol.