Junction City es una villa ubicada en el condado de Madison en el estado estadounidense de Misuri.

[3]​ Junction City se encuentra ubicada en las coordenadas 37°34′26″N 90°17′36″O / 37.57389, -90.29333.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, Junction City tiene una superficie total de 0.93 km², de la cual 0.93 km² corresponden a tierra firme y (0.56%) 0.01 km² es agua.

[4]​ Según el censo de 2010,[5]​ había 327 personas residiendo en Junction City.

De los 327 habitantes, Junction City estaba compuesto por el 96.94% blancos, el 0.61% eran afroamericanos, el 0% eran amerindios, el 0% eran asiáticos, el 0.31% eran isleños del Pacífico, el 0% eran de otras razas y el 2.14% pertenecían a dos o más razas.