Durante este tiempo publicó varios artículos relacionados con la química fisiológica y la histología, pero finalmente volvió su atención especial a la anatomía patológica.

Donó su cuerpo a la Ciencia, gran ejemplo de su pasión por la investigación patológica.

Identificó las áreas poligonales que indican los extremos cortados del músculo, llamados campos de Cohnheim.

Su clasificación de los tumores en carcinomas, fibromas y sarcomas es aún utilizada.

En las segunda mitad del siglo XIX Cohnheim postuló que el origen del cáncer estaba relacionado con el crecimineto descontrolado de "remamentes" de células madres embrionarias.