[4]​ Su rendimiento y, en particular, su actuación en el Torneo Internacional Juvenil en abril de 1985, nombrado mejor jugador, derivó en su fichaje por el Real Madrid Castilla.

[4]​ Formó parte de ese club hasta 1989,[3]​ y entremedio tuvo una cesión a la Unión Deportiva Las Palmas, en la temporada 1988-89.

La derrota no impidió la victoria del Barcelona por marcador global, pero sí puso en duda la calidad de Lopetegui.

[8]​ Finalmente, Carles Busquets, suplente de Andoni Zubizarreta en las temporadas anteriores, le arrebató el puesto.

En 1997, abandonó el Barcelona tras tres temporadas en las que contó con escasos minutos, y fichó por el Rayo Vallecano de la Segunda División.

Pasó tres temporadas en Primera, en las que jugó 36 partidos ligueros, y fue suplente de Kasey Keller e Imanol Etxeberria.

En este, su único encuentro disputado con la selección, entró en el minuto 26, en sustitución de Andoni Zubizarreta, con el partido 0-1.

Tras su retirada como jugador, debutó como entrenador en la temporada 2003-04, con el primer equipo del Rayo Vallecano, recién descendido a Segunda División.

Lopetegui fue destituido poco después de comenzar la temporada y el Rayo descendió a Segunda B.

[18]​ Al día siguiente se produjo su polémica destitución como seleccionador nacional, precipitándose el 14 de junio, su presentación oficial como entrenador blanco.

[22]​ Asume el cargo de entrenador del Sevilla Fútbol Club para la temporada 2019/20, tras firmar por tres campañas.

[23]​ En su primera temporada al frente del equipo hispalense, terminó el campeonato liguero en cuarta posición, empatado a puntos con el tercero, y a nivel individual, fue galardonado con el Premio Miguel Muñoz, al mejor entrenador del Campeonato Nacional de Liga de Primera División.

En su debut como comentarista técnico, sufrió un desvanecimiento en directo, que incluso dio lugar a campañas publicitarias.

[54]​ Nacido en Asteasu, Guipúzcoa,[1]​[56]​ es hijo de José Antonio Lopetegui, más conocido como Agerre II, un reconocido harrijasotzaile,[56]​ y Juanita Agote, quien junto con su esposo regentaba un asador.