Los jugadores se colocarán uno frente a otro, distribuyendo el espacio de juego de manera que cada jugador posea la mitad del tablero, Cada jugador tendrá frente a él cinco espacios diferenciados: Aunque se puede usar un tablero para facilitar la colocación de las cartas, no es estrictamente necesario para que la partida se desarrolle con normalidad.
A continuación, cada uno robará 7 cartas, las cuales mantendrá en su mano sin mostrarlas al contrincante.
Si alguno de los dos jugadores no tiene en su mano al menos un Pokémon básico (es decir, un Pokémon que no sea la evolución de otro), deberá mostrar sus cartas al oponente; devolverlas, barajar nuevamente y volver a robar 7 cartas.
Este proceso se repetirá hasta que ambos jugadores tengan al menos un Pokémon básico en su mano.
Al empezar cada turno, el jugador robará una carta de su baraja y la añade a su mano.
En caso de empate, es decir, que los últimos Pokémon disponibles de ambos jugadores queden debilitados en el mismo turno, el ganador se determinará jugando una nueva partida a muerte súbita con un solo premio.
Las cartas de energía vienen marcadas con la palabra "Energía" en la parte superior y pueden ser de varios tipos diferenciados por un icono característico y un color: Fuego (rojo), Agua (azul), Rayo (amarillo), Lucha (marrón), Planta (verde), Psíquico (morado), Acero (gris), Siniestro (negro), Dragón (dorado), Hada (magenta) e Incolora (blanca).
Si la habilidad genera un efecto puntual, el jugador podrá aplicarla durante su turno siempre que lo desee.
Estos marcadores son fichas con un valor inscrito que representa la cantidad de PS perdidos.
Al igual que en los videojuegos, algunos ataques provocan estados alterados en el Pokémon rival.
Todos los Pokémon que estén bajo un estado alterado se liberarán de él si consiguen ser retirados a la banca.
Todos los Pokémon que estén bajo un alterado son liberados de él si consiguen ser retirados a la reserva.
En el caso de los Pokémon dormidos o paralizados, que no pueden ser retirados con normalidad, esto se aplicaría si consiguieran llegar a la reserva utilizando alguna carta de entrenador que lo permitiera.
Las condiciones que suponen colocar un marcador (quemadura y veneno) sí pueden darse conjuntamente a otros estados.
Un Pokémon quemado también puede estar envenenado y/o dormido al mismo tiempo, y se aplicarían las condiciones de todos los estados.
Cada jugador, en cualquier momento durante su turno, puede decidir retirar a su Pokémon activo del combate pagando su coste de retirada (siempre y cuando haya al menos un Pokémon en la banca para sustituirlo).
Una vez en la banca, este Pokémon conservará todo el daño que tuviese acumulado, así como las cartas de energía asociadas que le quedaran tras pagar el coste de retirada.
Un Pokémon no puede evolucionar en el mismo turno en que se saca al campo o a la banca, ni tampoco puede evolucionar dos veces en el mismo turno.
Las cartas de evolución especial se caracterizan por tener un diseño mucho más espectacular y brillante que las convencionales.
Los tipos de evoluciones especiales que se han lanzado hasta la fecha son los siguientes: Las expansiones del juego, conforme se van lanzando al mercado, suelen incluir cartas Pokémon con características especiales.
Por ejemplo, los Pokémon-EX, introducidos en la quinta generación, poseen una resistencia y ataques muy superiores a los habituales.
Los jugadores, durante su turno y antes del ataque, pueden usar cualquier carta de entrenador que tengan en su mano.
El estilo de juego variará notablemente en función a las barajas que se usen.
En dichos eventos, los participantes juegan con sus propias barajas, compuestas de acuerdo a su estrategia.
Si bien, para mantener el equilibrio y la salud del juego los eventos cuentan con varios formatos, diferenciados según las cartas que son admitidas.
El videojuego incluía algunas cartas especiales exclusivas que no existían físicamente en aquel momento como la carta de Ninetales, Venasaur, Tangela, Meowth, Slowpoke, Vaporeon, Flareon, Jolteon y las de algunos Pokémon legendarios.
Lanzado en 2011, "Pokémon Trading Card Game Online" fue una aplicación oficial disponible mediante descarga gratuita para ordenadores con sistemas operativos Windows y macOS.
Los jugadores pueden recolectar cartas virtuales a través de la app, lo que les permite construir barajas personalizadas y probar diferentes estrategias.
En cuanto a las reglas de juego, aunque se mantienen las bases del juego original, Pokémon TCG Pocket se trata de una versión simplificada más rápida y accesible.