Sirvió en la Real Marina española desde el año 1666, con apenas trece años, en compañía del almirante general Mateo de la Haya.

Luego del terremoto que destruyó Esteco en 1692, Zamudio hizo construir un refugio siete leguas al sur de la actual ciudad de Metán, que denominó Fuerte del Rosario.

[2]​ En 1697 una nueva campaña derrotó definitivamente a los calchaquíes, garantizando el pleno dominio español.

Se estima que unos 11 000 indígenas fueron erradicados y reducidos a encomiendas.

El gobernador Juan de Zamudio se mudó a Córdoba junto con las autoridades religiosas, a las que había facilitado el traslado de la sede episcopal.

Sin embargo, las malas relaciones entre el obispo y Zamudio llevaron al mismo monarca a reprender al gobernador por entrometerse en cuestiones ajenas a su oficio; por ejemplo, en la colecta que se realizaba en las misas.

También que urgía al monarca unir las fuerzas militares de las provincias del Tucumán, Tarija y Paraguay para acabar con la guerra contra el infiel, ya que de lo contrario en breve se perderían la provincia, las ciudades y los caminos.