Sirvió 16 años en los ejércitos reales, principalmente en Malta, Levante, Berbería y Flandes.

Con él viajaron a Costa Rica su sobrino Juan de Soria y tres criados, entre ellos Bartolomé de Enciso Hita.

Le correspondió efectuar el juicio de residencia de su antecesor, Alonso del Castillo y Guzmán.

Morales, con algunos españoles e indígenas amigos, fue a Boruca, redujo a los indígenas y los asentó en dos pueblos a los que llamó San Diego de Acuña y San Juan de Calahorra, con iglesias y casas de cabildo.

Durante la administración de Echáuz y Velasco también se emprendió el sometimiento de los indígenas botos.