Tuvo el grado militar de capitán.
Fue gobernador interino de Nicaragua de 1627 a 1630 y después de concluido su gobierno se radicó en esa provincia.
A fin de cuentas la Corona nombró como gobernador titular a Gregorio de Sandoval Anaya y González de Alcalá.
En 1642 fue Corregidor de Subtiava, Nicaragua.
Su hijo Francisco de Agüero fue alcalde ordinario de León y su hijo Pedro alférez mayor de la misma ciudad.