En 1569, la corona española envió a Ponce de León II a la isla de Trinidad con el fin de que estableciera en ella un asentamiento (pues, en aquel momento, la isla estaba bajo control español).
Según algunos historiadores, Ponce de León II podría haber gobernado Trinidad entre 1571 y 1591.
[3] En 1579, durante el tiempo en el cual el gobernador recién nombrado de Puerto Rico, Jerónimo de Agüero Campuzano, viajaba desde España a Puerto Rico para tomar el mando, Ponce de León II fue nombrado gobernador interino del archipiélago, para que administrara Puerto Rico mientras se producía el viaje del nuevo gobernador.
Así fue como Ponce de León II se convirtió en el primer gobernador interino de Puerto Rico.
Más tarde, en 1913, sus restos fueron trasladados a la Catedral de San Juan.