Allí Juan Pedro vive el ascenso del club soriano a Primera División, pero no supera las lesiones y solo disputa un partido en toda la liga.

Durante su retiro "El Pirata" vuelve a Jerez para trabajar en la Escuela Municipal de Fútbol, trabajo que compagina con un grupo musical.

El equipo no tiene un gran comienzo y acaba peleando toda la temporada por evitar los puestos de descenso.

Finalmente, Juan Pedro abandona la entidad arcense dejando al equipo penúltimo con 24 puntos y a 2 de la permanencia.

En la temporada 2013/14 acaba recalando en la UD Bornense de Segunda Provincial (última categoría del fútbol español), donde consigue una cómoda 10.ª posición.

Para la temporada 2014/15, Juan Pedro deja los banquillos y se pone al cargo de la dirección deportiva del Xerez CD.

El 30 de mayo se confirma su continuidad para la temporada 2018-19, sin embargo acaba siendo destituido tras obtener solo una victoria en los primeros siete partidos.