Luego en 1999 logró el Campeonato Argentino de Pista, más tarde vendrían varios podios en diversos eventos nacionales, hasta representar a la Selección Argentina en los Campeonatos Panamericanos de 2002 en República Dominicana.
En el año 2006, dejó San Juan para llegar a Europa, más precisamente a Italia integrándose al equipo Bianchi, donde llegó al triunfo en “ IL giro delle Valli Monregalesi”.
La Unión Ciclista Internacional (UCI) comunicó que el ciclista bonaerense Juan Pablo Dotti, quien desde hace años compite en San Juan, dio positivo en el control antidopaje realizado en agosto pasado durante el Campeonato Mundial de Ciclismo de Ruta en Glasgow 2023 representando a la Selección Argentina.
La sustancia encontrada en Dotti es Methoxy Polyethylene Glycol-Epoetin beta (CERA) que es una eritropoyetina que estimula la producción de glóbulos rojos y aumenta el nivel de hemoglobina en sangre.
Es una droga sintética de las más viejas que existen en el ciclismo.