Juan Pablo Abarzúa debutó profesionalmente en 2012, jugando para Naval de Talcahuano.
En enero de 2015, emigró a Deportes Puerto Montt, club con el cual fue campeón de la Segunda División Profesional 2014-2015.
En el segundo semestre de 2018 y después de jugar 3 años y medio en el equipo puertomontino, Abarzúa jugó por primera vez en su carrera, la Primera División del fútbol chileno, jugando en la Universidad de Concepción, con el cual logró el subcampeonato.
Un año después y luego de jugar un semestre en el Campanil, Abarzúa fichó por el histórico Cobreloa, para disputar el actual torneo del Campeonato As.com Primera B 2019.
Tras no renovar su contrato con Universidad de Concepción,[1] en diciembre de 2022 es anunciado su regreso a Deportes Puerto Montt.