Fue seleccionado para el Juego de Futuras Estrellas en 2004, mientras lanzaba para los Portland Sea Dogs.
Pasó la temporada en AAA con los Gwinnett Braves, apareciendo en 47 partidos.
Fue asignado al equipo de Triple-A Albuquerque Isotopes para comenzar la temporada.
Pérez lanzó una entrada inmaculada en el décimo inning en la victoria contra los Bravos el 8 de julio de 2011, ponchando a tres bateadores con nueve lanzamientos.
Pérez recibió la primera victoria de su carrera después de que Raúl Ibáñez conectara un cuadrangular en solitario en la parte baja del inning para ganar el partido.