Inicia su carrera en Mendoza, en 1993 con el Club Leonardo Murialdo para luego pasar a las filas del Atlético Club San Martín (Mendoza), el equipo obtiene el ascenso al Torneo Argentino A.

Pasó luego por el Club Huracán (San Rafael), hasta que en el año 1996 recaló junto a Carlos Biasutto en el Club Jorge Wilstermann de Bolivia, y junto al mismo entrenador al siguiente año trabajó en Perú en el Club Deportivo Municipal de Lima, regresó a Mendoza para incorporarse al Club Atlético Chacras de Coria, que obtendría el ascenso al Torneo Argentino A y cambiaría su nombre por el de Asociación Atlética Luján de Cuyo.

En el año 2000, Juan Miguel Bertani llega a la primera división del fútbol Argentino en el Club Atlético Belgrano de Córdoba, regresó a Bolivia al siguiente año para disputar con el Club Jorge Wilstermann la Copa Toyota Libertadores de América 2001.

En el 2015 llega al Club Blooming junto a Erwin Sanchez como director técnico, el equipo realiza una buena campaña y obtiene un cupo para Copa Sudamericana y el torneo de invierno Copa Cine Center.

[1] [2] (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).