Juan Manuel comenzó en los banquillos en 1981, cuando dejó su corta carrera futbolística y se puso a entrenar a la selección infantil de Las Palmas, con la que fue campeón de España.
[2] Su primera etapa en la Unión Deportiva Las Palmas comenzó en junio de 2003, cuando fue nombrado técnico del primer equipo para la temporada 2003-04.
Rodríguez llevó a la U. D. Las Palmas a una cómoda permanencia; y siguió al frente del equipo en la temporada 2008-09 hasta su cese tras la jornada 14, con Las Palmas rozando los puestos de descenso.
[7] Dos años después (temporada 2010-11), la entidad amarilla volvió a contratarlo,[8] cuando el equipo estaba al borde del descenso tras 12 jornadas sin ganar, dejándolo ocho puntos por encima de los puestos de descenso.
[11] Tras cuatro temporadas en los que consiguió los objetivos marcados, en enero de 2022 presentó su dimisión.