En 1965 también se proclamó campeón de la Copa del Rey Juvenil, donde fue titular.
Juan José disputó 145 encuentros con el filial durante siete temporadas, sin poder dar el salto al Athletic Club debido a la presencia de José Angel Iribar.
En 1971 firmó por el Racing de Santander, donde fue titular indiscutible durante cinco temporadas en las que estuvo a punto de alcanzar los doscientos partidos oficiales.
[1] Este gol le permitió convertirse en el primer portero en marcar en Primera División.
[2] En 1976 fichó por el Cádiz CF, donde fue perdiendo presencia con el paso de las temporadas.