Hizo su práctica profesional en el diario Las Últimas Noticias, y trabajó en el suplemento "Economía y Negocios" de El Mercurio.

Posteriormente ingresó al Departamento de Prensa de La Red en 1992, donde ejerció como productor periodístico, y en 1997 pasó a ser presentador de noticias,[1]​ siendo hombre ancla de los informativos Noticias a la hora (1997-1998) y Hechos (1998-1999).

En julio de 1999 Juan José Lavín emigró a Televisión Nacional de Chile (TVN), donde trabajó como productor períodistico de Medianoche y posteriormente como presentador del noticiero del canal, 24 Horas en su edición central durante los fines de semana (2004-2009) y del programa informativo nocturno Medianoche (2008-2014).

[5]​ También fue conductor del programa de debate político Sin miedo a la verdad (2017-2018) en el canal TV Maule de Talca.

Además ha trabajado en radio, particularmente en Duna FM (marzo 2002-diciembre 2006) en el programa Duna en Punto junto a la periodista Cony Stipicic y El Conquistador FM (diciembre 2015-presente), donde conduce los programas Buenos Días Mercado, junto a Tomás Flores, ex Subsecretario de Economía durante el primer gobierno de Sebastián Piñera (2010-2014) y Willy Díaz, economista, ingeniero comercial y consultor y Sentido Común, junto a Nicolás Larraín y el analista político Patricio Gajardo Lagomarsino.